要比较两个PCollections并进行删除，可以使用PCollection的subtract()方法。下面是一个示例代码：

import org.apache.beam.sdk.Pipeline;
import org.apache.beam.sdk.io.TextIO;
import org.apache.beam.sdk.transforms.DoFn;
import org.apache.beam.sdk.transforms.ParDo;
import org.apache.beam.sdk.transforms.Subtract;
import org.apache.beam.sdk.values.PCollection;

public class CompareAndDeletePCollections {
  public static void main(String[] args) {
    Pipeline pipeline = Pipeline.create();

    // 读取第一个PCollection
    PCollection pCollection1 = pipeline.apply(TextIO.read().from("input1.txt"));

    // 读取第二个PCollection
    PCollection pCollection2 = pipeline.apply(TextIO.read().from("input2.txt"));

    // 使用subtract()方法比较并删除pCollection2中与pCollection1相同的元素
    PCollection difference = pCollection2.apply(Subtract.create(pCollection1));

    // 输出结果
    difference.apply(ParDo.of(new DoFn() {
      @ProcessElement
      public void processElement(ProcessContext c) {
        // 删除的元素可以在这里进行处理，例如输出到日志中
        // c.output(c.element());
      }
    }));

    pipeline.run();
  }
}

上面的代码使用Apache Beam来比较两个PCollections并删除相同的元素。首先，通过TextIO.read().from()方法从输入文件中读取两个PCollection。然后，使用subtract()方法比较pCollection2中的元素，并删除与pCollection1相同的元素。最后，可以在ParDo中对删除的元素进行处理，例如输出到日志中。

注意：在运行代码之前，需要将"input1.txt"和"input2.txt"替换为实际的输入文件路径。