解决这个问题的一种方法是使用Python的pandas库来比较两个Excel文件并删除重复数据。下面是一个示例代码：

import pandas as pd

# 读取两个Excel文件为DataFrame对象
df1 = pd.read_excel('file1.xlsx')
df2 = pd.read_excel('file2.xlsx')

# 找到两个文件中的重复数据
duplicates = df1[df1.isin(df2)].dropna()

# 删除重复数据
df1 = df1.drop_duplicates()

# 输出结果
print("重复数据：")
print(duplicates)

print("去重后的数据：")
print(df1)

请确保在运行代码之前先安装pandas库，可以使用以下命令安装：

pip install pandas

在这个示例代码中，我们首先使用pd.read_excel函数将两个Excel文件读取为pandas的DataFrame对象，分别存储在df1和df2中。

接下来，我们使用df1.isin(df2)来比较两个DataFrame对象，找到两个文件中的重复数据。然后使用dropna函数删除包含重复数据的行，并将结果赋值给duplicates。

最后，我们使用drop_duplicates函数删除df1中的重复数据，重新赋值给df1。最后，我们打印出重复数据和去重后的数据。

这只是一个简单的示例代码，具体的实现方式可能因为Excel文件的结构和数据类型而有所不同。你可以根据自己的需求进行修改。