比较两个二维数组的最佳方法可以使用嵌套循环来遍历数组并逐个比较元素。以下是一个示例代码，演示了如何比较两个二维数组：

def compare_arrays(arr1, arr2):
    # 检查数组的维度是否相同
    if len(arr1) != len(arr2) or len(arr1[0]) != len(arr2[0]):
        return False

    # 遍历数组并逐个比较元素
    for i in range(len(arr1)):
        for j in range(len(arr1[0])):
            if arr1[i][j] != arr2[i][j]:
                return False
    
    # 如果所有元素都相等，则返回True
    return True

# 示例用法
array1 = [[1, 2, 3], [4, 5, 6]]
array2 = [[1, 2, 3], [4, 5, 6]]
array3 = [[1, 2, 3], [4, 5, 7]]

print(compare_arrays(array1, array2))  # 输出：True
print(compare_arrays(array1, array3))  # 输出：False

在这个示例中，我们定义了一个compare_arrays函数，它接受两个二维数组作为参数。首先，我们检查两个数组的维度是否相同，如果不相同则直接返回False。然后，我们使用嵌套循环遍历数组，并逐个比较元素。如果找到任何不相等的元素，则返回False。如果所有元素都相等，则返回True。

请注意，这个方法的时间复杂度是O(n^2)，其中n是数组的大小。在比较大型二维数组时，性能可能会受到影响。如果需要在大型数据集上进行高效的比较，可以考虑使用其他优化方法，例如使用并行计算或使用numpy库进行向量化比较。