以下是一个比较两个JSON数组并返回共同元素的Java代码示例：

import org.json.JSONArray;
import org.json.JSONException;
import org.json.JSONObject;

import java.util.ArrayList;
import java.util.List;

public class JsonArrayCompare {
    public static void main(String[] args) {
        String json1 = "[{\"id\": 1, \"name\": \"John\"}, {\"id\": 2, \"name\": \"Alice\"}, {\"id\": 3, \"name\": \"Bob\"}]";
        String json2 = "[{\"id\": 2, \"name\": \"Alice\"}, {\"id\": 3, \"name\": \"Bob\"}, {\"id\": 4, \"name\": \"David\"}]";

        JSONArray array1 = new JSONArray(json1);
        JSONArray array2 = new JSONArray(json2);

        List commonElements = findCommonElements(array1, array2);

        for (JSONObject element : commonElements) {
            System.out.println(element.toString());
        }
    }

    public static List findCommonElements(JSONArray array1, JSONArray array2) {
        List commonElements = new ArrayList<>();

        for (int i = 0; i < array1.length(); i++) {
            try {
                JSONObject obj1 = array1.getJSONObject(i);
                for (int j = 0; j < array2.length(); j++) {
                    JSONObject obj2 = array2.getJSONObject(j);
                    if (obj1.similar(obj2)) {
                        commonElements.add(obj1);
                        break;
                    }
                }
            } catch (JSONException e) {
                e.printStackTrace();
            }
        }

        return commonElements;
    }
}

上述代码中，我们使用了JSONArray和JSONObject类来处理JSON数据。findCommonElements方法接收两个JSON数组作为输入，并通过遍历两个数组来比较每个元素。如果两个元素相似（即拥有相同的键值对），则将其添加到commonElements列表中。最后，我们将共同的元素打印出来。注意，这里假设每个元素是一个JSONObject对象。如果元素是基本类型（如字符串或整数），则需要相应地更改比较逻辑。