以下是一个解决这个问题的示例代码：

def compare_matrix(matrix, threshold):
    exceeding_values = []
    
    for row in matrix:
        for value in row:
            if value > threshold:
                exceeding_values.append(value)
    
    return exceeding_values

# 示例输入
matrix = [[1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9]]
threshold = 5

# 调用函数并输出结果
exceeding_values = compare_matrix(matrix, threshold)
print(exceeding_values)

输出：

[6, 7, 8, 9]

这个示例代码创建了一个函数compare_matrix，它接受一个矩阵和一个阈值作为参数。函数遍历矩阵中的每个值，并将超过阈值的值添加到一个列表中。最后，函数返回超过阈值的值的列表。

在示例中，输入的矩阵是[[1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9]]，阈值是5。函数返回值是[6, 7, 8, 9]，因为这些值超过了阈值5。