首先，需要建立两个工作簿的数据连接，可以使用 pandas 包中的 read_excel 方法。假设需要比较的两个列分别为 A 列和 B 列，比较结果为 A 列中是否存在 B 列中的值。

代码示例：

import pandas as pd

# 读取两个工作簿
df1 = pd.read_excel('Workbook1.xlsx', sheet_name='Sheet1')
df2 = pd.read_excel('Workbook2.xlsx', sheet_name='Sheet2')

# 比较两个列
result = []
for i in df1['A']:
    if i in df2['B'].values:
        result.append(i)
    else:
        result.append('')

# 将结果复制到新工作簿
df3 = pd.DataFrame(result, columns=['Result'])
df3.to_excel('Workbook3.xlsx', index=False)

上述代码中，使用了 pandas 包中的 DataFrame 来创建一个新工作簿，并将比较结果写入到该工作簿中的一个新列中。最后使用 to_excel 方法将新工作簿保存到本地。