可以使用Python中的pandas库来处理Excel文件。首先，读入两个Excel文件，并将它们转化为pandas的DataFrame对象。然后，使用pandas的merge函数将两个DataFrame对象合并为一个，根据主键进行合并。通过设置参数indicator为True，merge函数会自动添加一个特殊的列"_merge"来标识合并后的每一行所在的文件。最后，根据"_merge"列来提取出两个文件中的变化。

代码示例：

import pandas as pd

# 读入两个Excel文件
df1 = pd.read_excel('file1.xlsx')
df2 = pd.read_excel('file2.xlsx')

# 合并两个DataFrame
merged = pd.merge(df1, df2, on='key', how='outer', suffixes=('_left', '_right'), indicator=True)

# 提取出变化的行
changed = merged[merged['_merge'] != 'both']

# 将变化的行保存到新的Excel文件
changed.to_excel('changed.xlsx', index=False)

其中，'key'是合并两个DataFrame对象的主键，可以根据具体情况进行修改。