以下是一个使用Python的示例代码，可以比较并替换两个不同文件的Excel两列：

import pandas as pd

# 读取第一个文件
file1 = pd.read_excel('file1.xlsx')
column1_file1 = file1['Column1']

# 读取第二个文件
file2 = pd.read_excel('file2.xlsx')
column1_file2 = file2['Column1']

# 比较两列并替换
file1['Column1'] = column1_file1.replace(column1_file2)

# 保存结果到新文件
file1.to_excel('result.xlsx', index=False)

请确保将file1.xlsx和file2.xlsx替换为你要比较的两个Excel文件的路径，以及将Column1替换为你要比较和替换的列名称。最后，结果将保存在result.xlsx文件中。

这个示例使用了Pandas库来处理Excel文件。首先，它读取了两个文件的指定列。然后，它使用replace函数比较两列，并将替换后的结果重新赋值给第一个文件的列。最后，它将结果保存到一个新的Excel文件中。