在Makefile中，可以通过显式规则来覆盖隐式规则，从而解决编译CUDA源文件时隐式规则搞乱Makefile的问题。

以下是一个示例的Makefile，展示了如何使用显式规则来编译CUDA源文件并生成目标文件：

# 定义编译器和编译选项
NVCC := nvcc
CFLAGS := -c -O3

# 定义源文件和目标文件
SRCS := file1.cu file2.cu
OBJS := $(SRCS:.cu=.cu.o)

# 生成目标文件的规则
%.cu.o: %.cu
    $(NVCC) $(CFLAGS) $< -o $@

# 定义默认目标
all: $(OBJS)

# 清理目标文件
clean:
    rm -f $(OBJS)

在上述示例的Makefile中，我们首先设置了编译器和编译选项。然后，定义了源文件和目标文件的变量。接下来，我们使用了一个显式规则来定义生成目标文件的规则。这个规则告诉Make，对于每个以".cu"结尾的源文件，使用nvcc编译器和指定的编译选项来生成对应的目标文件。最后，我们定义了一个默认目标"all"，它依赖于所有的目标文件。通过运行"make"命令，可以编译所有的CUDA源文件并生成目标文件。

注意，在使用这个Makefile之前，确保你已经正确安装了CUDA工具包，并将nvcc添加到了系统的环境变量中。

希望这个示例能够帮助你解决编译CUDA源文件时隐式规则搞乱Makefile的问题。