首先在Jenkins中创建一个自由风格的软件项目，并设置必要的构建步骤。然后在“构建后操作”中，添加一个“Execute shell”构建步骤，将以下Bash脚本添加到该步骤中：

#!/bin/bash

# kill the running java process
kill $(ps aux | grep 'java -jar' | awk '{print $2}')

# navigate to the directory where the jar file is located
cd /path/to/jar/file

# start the java application
java -jar app.jar&

将上述代码中的“/path/to/jar/file”替换为Java应用程序的实际路径，将“app.jar”替换为Java应用程序的名称。保存并运行Jenkins构建作业，完成后将自动重新启动Java应用程序。

此脚本的作用是首先杀死正在运行的Java进程，然后导航到包含Java应用程序的目录，并使用“java -jar”命令重新启动Java应用程序。需要注意的是，该命令使用“&”符号在后台运行Java应用程序，以便Jenkins调用可以退出并将控制台返还给用户。