以下是一个使用Node.js的解决方案，可以遍历子文件夹中的所有HTML文件并使用脚本命令行工具进行迭代运行：

const fs = require('fs');
const path = require('path');
const { execSync } = require('child_process');

const rootFolder = 'path/to/root/folder';

function traverseFolder(folderPath) {
  // 读取文件夹中的所有文件和子文件夹
  const files = fs.readdirSync(folderPath);

  files.forEach(file => {
    const filePath = path.join(folderPath, file);
    const stat = fs.statSync(filePath);

    if (stat.isDirectory()) {
      // 如果是子文件夹，则递归遍历
      traverseFolder(filePath);
    } else if (path.extname(filePath) === '.html') {
      // 如果是HTML文件，则执行命令行工具
      try {
        execSync(`your-command-line-tool ${filePath}`);
        console.log(`Executed ${filePath} successfully.`);
      } catch (error) {
        console.error(`Error executing ${filePath}: ${error}`);
      }
    }
  });
}

// 开始遍历根文件夹
traverseFolder(rootFolder);

请将'path/to/root/folder'替换为实际的根文件夹路径，并将'your-command-line-tool'替换为实际的命令行工具名称或路径。该代码会递归遍历根文件夹中的所有子文件夹，并对每个HTML文件执行命令行工具。成功执行的文件将显示成功消息，而执行失败的文件将显示错误消息。