在Java中使用Amazon S3 SDK时，如果读取S3中的文件时超时出现问题，可以尝试设置连接超时和读取超时时间。具体方法如下：

AmazonS3 s3Client = new AmazonS3Client(new ProfileCredentialsProvider());
s3Client.setEndpoint("s3.amazonaws.com");

// Set the connection timeout to be 5 seconds
ClientConfiguration clientConfig = new ClientConfiguration();
clientConfig.setConnectionTimeout(5000);

s3Client.setConfiguration(clientConfig);

// Set the read timeout to be 10 seconds
GetObjectRequest getObjectRequest = new GetObjectRequest(bucketName, key);
getObjectRequest.setSdkClientExecutionTimeout(10000);

S3Object s3Object = s3Client.getObject(getObjectRequest);

在上述代码中，修改了连接超时时间为5秒，读取超时时间为10秒。根据具体情况可以进行调整。