在Amazon RDS上，如果多个查询的MySQL事务无法正常工作，可能是由于以下原因导致的：

1. 事务隔离级别不正确：检查事务隔离级别是否正确设置。默认情况下，Amazon RDS上的MySQL事务隔离级别为REPEATABLE READ。如果需要更高的隔离级别，可以通过以下语句将其设置为READ COMMITTED：

SET SESSION TRANSACTION ISOLATION LEVEL READ COMMITTED;

2. 并发连接数限制：检查Amazon RDS实例的并发连接数限制。如果连接数超过限制，可能会导致事务无法正常工作。可以通过以下命令查看并更改连接数限制：

SHOW VARIABLES LIKE 'max_connections';
SET GLOBAL max_connections = ;

3. 死锁：如果多个事务同时修改相同的数据行，并且出现死锁的情况，可能会导致事务无法正常工作。可以通过以下命令查看当前的死锁情况：

SHOW ENGINE INNODB STATUS;

如果发现有死锁，则可以通过重试事务或更改事务逻辑来解决该问题。

4. 超时：如果事务执行时间过长，可能会导致超时错误。可以通过增加超时时间来解决该问题。在连接数据库时，可以使用以下代码设置较长的超时时间：

import pymysql

conn = pymysql.connect(host='', user='', password='', database='', connect_timeout=60)

请注意，上述代码示例中的参数值应根据实际情况进行替换。

如果上述方法无法解决问题，建议检查Amazon RDS实例的日志文件，以查找更多关于事务失败的详细信息。