bedtoolsshuffle-excl不会警告关于一致命名约定的问题。
创始人
2024-11-27 22:01:43
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在使用bedtools shuffle时，应该注意保持输入文件和排除文件（-excl）中的列名相同。例如，如果输入文件中使用“chrom”作为染色体列名，则排除文件中也应该使用“chrom”，而不是其他类似的列名，否则bedtools shuffle不会发出警告并导致输出结果不正确。以下是一个示例命令：
bedtools shuffle -i input.bed -excl exclude.bed -chrom -noOverlapping
在这个命令中，“-chrom”指定输入文件和排除文件都应具有相同的染色体列名。
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