使用BioMart时,需要连接到特定的Biomart主机才能获取数据。但是有时访问特定的主机可能会有问题,需要使用备用的主机。以下是一个使用备用主机的代码示例:
from biomart import BiomartServer
# 主机列表
hosts = ["http://www.ensembl.org/biomart",
"http://useast.ensembl.org/biomart"]
# 连接到第一个主机
server = BiomartServer(host=hosts[0])
server.verbose = True
# 获取一个mart
hg38_doc_mart = server.datasets['hsapiens_gene_ensembl']
# 查看可用的filters
filters = hg38_doc_mart.list_filters()
for f in filters:
print(f)
# 切换到备用主机
server.main_url = hosts[1]
# 获取一个mart
mm10_doc_mart = server.datasets['mmusculus_gene_ensembl']