如果Beanstalk无法在子目录中找到Django应用程序，可能是由于配置文件中的路径设置有问题。以下是一个可能的解决方案：

1. 确保在项目的根目录中有一个manage.py文件，该文件是Django项目的入口点。

2. 打开.ebextensions文件夹，并创建一个名为django.config的新文件。

3. 在django.config文件中，添加以下内容：

option_settings:
  aws:elasticbeanstalk:application:environment:
    DJANGO_SETTINGS_MODULE: "your_project_name.settings"

将your_project_name替换为你的Django项目的名称。

4. 确保你的Django应用程序在根目录的子目录中。如果你的Django应用程序在根目录的子目录中，你需要在.ebextensions文件夹中创建一个名为wsgi.conf的新文件。

5. 在wsgi.conf文件中，添加以下内容：

option_settings:
  aws:elasticbeanstalk:container:python:
    WSGIPath: "your_project_name/your_wsgi_file.py"

将your_project_name替换为你的Django项目的名称，并将your_wsgi_file.py替换为你的WSGI文件的名称。

6. 保存文件并将它们上传到Beanstalk应用的根目录中。

7. 重新部署应用程序，Beanstalk现在应该能够正确找到你的Django应用程序。

希望这可以解决你的问题！