出现这个问题的原因可能是Java程序没有适当地访问目标目录或者文件。为了解决这个问题，可以修改Java程序的代码来使用正确的路径和权限来访问目标文件夹和文件。

以下是一个示例代码，它使用Java程序执行指定的.bat文件，并将.bat文件生成的日志文件保存在指定的目标文件夹下：

import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStreamReader;

public class ExecuteBatchFile {

    public static void main(String[] args) {
        try {
            String batchFilePath = "C:/test/mybatch.bat";//修改为指定的.bat文件路径
            String logFolderPath = "C:/test/logs";//修改为指定的日志文件夹路径
            String logFileName = "mybatch.log";//修改为指定的日志文件名称

            File logFolder = new File(logFolderPath);
            if (!logFolder.exists()) {
                logFolder.mkdirs();
            }

            File logFile = new File(logFolder, logFileName);
            if (!logFile.exists()) {
                logFile.createNewFile();
            }

            ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder(batchFilePath);
            builder.redirectErrorStream(true);
            builder.redirectOutput(ProcessBuilder.Redirect.appendTo(logFile));

            Process p = builder.start();
            BufferedReader r = new BufferedReader(new InputStreamReader(p.getInputStream()));
            String line;
            while (true) {
                line = r.readLine();
                if (line == null) {
                    break;
                }
                System.out.println(line);
            }
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

这个示例代码会执行指定的.bat文件，并将.bat文件生成的日志文件保存到指定的文件夹下。执行结果会在控制台输出。