下面是一个使用Altair绘制分层线图，并添加图例和自定义颜色的示例代码：

import altair as alt
import pandas as pd

# 创建示例数据
data = pd.DataFrame({
    'x': [1, 2, 3, 4, 5],
    'y1': [1, 3, 4, 2, 5],
    'y2': [2, 4, 1, 5, 3],
    'y3': [5, 2, 3, 1, 4]
})

# 创建线图
line_chart = alt.Chart(data).mark_line().encode(
    x='x',
    y='y1',
    color=alt.value('red')  # 设置第一个线的颜色为红色
)

# 添加第二条线
line_chart += alt.Chart(data).mark_line().encode(
    x='x',
    y='y2',
    color=alt.value('blue')  # 设置第二个线的颜色为蓝色
)

# 添加第三条线
line_chart += alt.Chart(data).mark_line().encode(
    x='x',
    y='y3',
    color=alt.value('green')  # 设置第三个线的颜色为绿色
)

# 添加图例
line_chart = line_chart.encode(
    color=alt.Color('legend:N', legend=alt.Legend(title='线条', orient='top'))
)

# 显示图表
line_chart.show()

请确保已安装Altair和Pandas库，并运行此代码，以查看生成的分层线图，包含图例和自定义颜色。