要在已经打开多个实例的程序中打开特定实例上的文件，可以使用Shell脚本和Bash命令来解决。以下是一个使用Bash脚本的示例：

#!/bin/bash

# 获取程序的进程ID
pid=$(pgrep -x "program_name")

# 如果找不到程序的进程ID，则启动程序
if [[ -z $pid ]]; then
    program_name &
    pid=$!
fi

# 等待程序启动
sleep 1

# 在特定实例上打开文件
xdotool search --pid $pid --class "program_name" windowactivate \
    key --clearmodifiers --window %@ "ctrl+o" type "path/to/file" "Return"

请根据实际情况进行以下修改：

• 将program_name替换为要打开文件的程序的名称或可执行文件的路径。
• 将"path/to/file"替换为要打开的文件的路径。

在上述示例中，我们首先使用pgrep命令来获取程序的进程ID。如果找不到进程ID，则启动程序。然后，我们使用xdotool命令来查找特定实例的窗口，并将其激活。最后，我们使用xdotool命令模拟按下Ctrl+O键来打开文件，并将文件路径键入。