要解决AlphaFold多聚体Colab在AMBER弛豫进程停留在83%的问题,可以尝试以下解决方法:
from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')
# 增加Colab的运行时间限制
import time
time.sleep(2*60*60) # 增加2个小时的运行时间
将以上代码放在AMBER弛豫进程之前,通过运行时切换到GPU加速器,然后重新运行Colab来增加运行时间。
# 检查GPU信息
!nvidia-smi
# 设置GPU资源限制
import tensorflow as tf
gpus = tf.config.list_physical_devices('GPU')
if gpus:
try:
# 设置GPU内存增长
for gpu in gpus:
tf.config.experimental.set_memory_growth(gpu, True)
except RuntimeError as e:
print(e)
将以上代码放在AMBER弛豫进程之前,通过运行时切换到GPU加速器,然后重新运行Colab来检查和设置资源限制。
根据具体的应用场景和系统,可以尝试不同的参数组合进行优化。
以上是一些可能的解决方法,但由于具体情况的不同,可能需要进一步调试和优化。