要正确重新排序数组复选框，可以使用JavaScript的sort()方法和map()方法。以下是一个使用Alpaca JS的示例代码来重新排序数组复选框的解决方法：

var data = {
  checkboxes: [
    { label: 'Checkbox 1', value: '1' },
    { label: 'Checkbox 2', value: '2' },
    { label: 'Checkbox 3', value: '3' }
  ]
};

var options = {
  schema: {
    type: 'object',
    properties: {
      checkboxes: {
        type: 'array',
        items: {
          type: 'object',
          properties: {
            label: {
              type: 'string'
            },
            value: {
              type: 'string'
            }
          }
        }
      }
    }
  },
  options: {
    fields: {
      checkboxes: {
        type: 'array',
        items: {
          type: 'checkbox',
          name: 'checkboxes',
          optionLabels: ['Checkbox 1', 'Checkbox 2', 'Checkbox 3']
        }
      }
    },
    postRender: function(control) {
      // 获取复选框的控件元素
      var checkboxes = control.getControlEl().find('input[type="checkbox"]');
      
      // 获取原始数据中复选框的顺序
      var originalOrder = data.checkboxes.map(function(item) {
        return item.value;
      });
      
      // 根据原始顺序重新排序复选框
      checkboxes.sort(function(a, b) {
        return originalOrder.indexOf($(a).val()) - originalOrder.indexOf($(b).val());
      });
      
      // 重新添加排序后的复选框到控件元素
      control.getControlEl().empty().append(checkboxes);
    }
  },
  data: data
};

$('#form').alpaca(options);

在这个示例中，首先定义了包含复选框数据的data对象。然后，定义了Alpaca表单的options对象，其中包含了复选框的配置。在postRender回调函数中，首先通过control.getControlEl().find('input[type="checkbox"]')获取到复选框的控件元素。然后，通过map()方法和originalOrder数组获取到原始数据中复选框的顺序。接下来，通过sort()方法和自定义的排序函数将复选框重新排序。最后，通过control.getControlEl().empty().append(checkboxes)将排序后的复选框重新添加到控件元素中。

请注意，这只是一个示例代码，具体的实现可能因为使用不同的Alpaca版本或者不同的需求而有所差异。您可以根据自己的实际情况进行调整和修改。