要包括子项目Gradle构建输出在JAR文件和运行时库路径中，可以按照以下步骤进行设置：

1. 在主项目的build.gradle文件中，添加一个任务来构建所有子项目：

task buildAll(type: GradleBuild) {
    tasks = subprojects.collect { project -> project.tasks.findByName('build') }
}

2. 在主项目的build.gradle文件中，将子项目的构建输出目录添加到JAR文件的内容中：

jar {
    from subprojects.collect { project -> project.tasks.findByName('build')?.outputs?.files }
}

3. 在主项目的build.gradle文件中，将子项目的构建输出目录添加到运行时库路径中：

run {
    classpath += subprojects.collect { project -> project.tasks.findByName('build')?.outputs?.files }
}

4. 在每个子项目的build.gradle文件中，将构建输出目录配置为jar任务的输出目录：

jar {
    outputDir = file("$buildDir/libs")
}

通过以上步骤，子项目的构建输出将包含在主项目的JAR文件中，并且也可以在运行时通过库路径来访问子项目的构建输出。