要保持AWS EC2 Windows服务器终端应用程序在断开连接后仍保持活动状态，可以使用以下方法：

1. 使用远程桌面连接（RDP）来连接到EC2实例，这样即使断开连接，应用程序仍将继续运行。确保在RDP连接选项中启用“断开连接后保持会话活动”选项。

2. 在EC2实例上安装并配置远程桌面服务（RDSH），这样即使断开连接，应用程序仍将继续运行。以下是安装RDSH的步骤：

   a. 运行PowerShell命令Install-WindowsFeature -Name RDS-RD-Server安装RDSH角色。

   b. 在服务器管理器中，选择“远程桌面服务”>“收集”>“创建收集”来创建远程桌面收集，配置会话时长等选项。

   c. 在“收集”下选择“主机”>“创建主机”来添加EC2实例作为远程桌面主机。

   d. 在远程桌面连接时，使用服务器收集名称和指定的用户名连接到EC2实例。

3. 使用远程终端会话（RDT）连接到EC2实例，这样即使断开连接，应用程序仍将继续运行。以下是使用RDT的步骤：

   a. 在EC2实例上安装并配置远程桌面服务（RDSH）。请参考上述第2种方法的步骤。

   b. 在远程终端会话连接时，使用mstsc /admin命令连接到EC2实例。这将启用管理员模式的远程终端会话，断开连接后应用程序将继续运行。

请注意，以上方法中的某些步骤可能需要管理员权限或AWS EC2实例的访问权限。确保在进行任何更改之前备份重要数据，并在生产环境中进行适当的测试。