在alembic文件中配置schema参数，并在模型类中添加schema名称。

代码示例：

在alembic文件中添加schema参数：

# ...

def upgrade():
    # ...
    op.create_table('table_name',
    sa.Column('id', sa.Integer, primary_key=True),
    sa.Column('column_name', sa.String),
    schema='schema_name'
    )
    # ...

# ...

在模型类中添加schema名称：

from sqlalchemy.schema import Sequence

class Table(Base):
    __tablename__ = 'table_name'
    __table_args__ = {'schema': 'schema_name'}

    id = Column(Integer, Sequence('table_name_id_seq'), primary_key=True)
    column_name = Column(String(50))
    # ...

注意：修改完以上代码后，需要将alembic版本号更新并执行迁移命令。