在使用Alembic和SQLAlchemy进行数据库迁移的项目中，可以使用多个“应用程序”来管理不同的数据库模型和迁移。

首先，我们可以创建一个名为"app1"的应用程序，包含其自己的数据库模型和迁移脚本。

# app1/models.py
from sqlalchemy import Column, Integer, String
from sqlalchemy.ext.declarative import declarative_base

Base = declarative_base()

class User(Base):
    __tablename__ = 'users'

    id = Column(Integer, primary_key=True)
    username = Column(String)
    email = Column(String)

# app1/alembic/env.py
from alembic import context
from sqlalchemy import create_engine

config = context.config
target_metadata = Base.metadata

def run_migrations_online():
    engine = create_engine("your_database_connection_string")
    with engine.connect() as connection:
        context.configure(
            connection=connection,
            target_metadata=target_metadata
        )
        with context.begin_transaction():
            context.run_migrations()

# app1/alembic/versions/001_initial.py
from alembic import op
import sqlalchemy as sa

def upgrade():
    op.create_table(
        'users',
        sa.Column('id', sa.Integer, primary_key=True),
        sa.Column('username', sa.String),
        sa.Column('email', sa.String)
    )

def downgrade():
    op.drop_table('users')

然后，我们可以创建另一个名为"app2"的应用程序，同样包含其自己的数据库模型和迁移脚本。

# app2/models.py
from sqlalchemy import Column, Integer, String
from sqlalchemy.ext.declarative import declarative_base

Base = declarative_base()

class Product(Base):
    __tablename__ = 'products'

    id = Column(Integer, primary_key=True)
    name = Column(String)
    price = Column(Integer)

# app2/alembic/env.py
from alembic import context
from sqlalchemy import create_engine

config = context.config
target_metadata = Base.metadata

def run_migrations_online():
    engine = create_engine("your_database_connection_string")
    with engine.connect() as connection:
        context.configure(
            connection=connection,
            target_metadata=target_metadata
        )
        with context.begin_transaction():
            context.run_migrations()

# app2/alembic/versions/001_initial.py
from alembic import op
import sqlalchemy as sa

def upgrade():
    op.create_table(
        'products',
        sa.Column('id', sa.Integer, primary_key=True),
        sa.Column('name', sa.String),
        sa.Column('price', sa.Integer)
    )

def downgrade():
    op.drop_table('products')

最后，在项目的根目录下创建一个名为"manage.py"的文件，用于管理Alembic和多个应用程序的迁移。

# manage.py
from alembic import command
from alembic.config import Config

# Run migrations for app1
alembic_config = Config("app1/alembic.ini")
command.upgrade(alembic_config, "head")

# Run migrations for app2
alembic_config = Config("app2/alembic.ini")
command.upgrade(alembic_config, "head")

通过运行"manage.py"文件，可以依次运行每个应用程序的迁移脚本，从而实现多个应用程序的管理。

希望以上解决方法能够满足您的需求！