要解决AlarmManager无法正常工作的问题，并将清单部分加入到代码中，可以按照以下步骤进行操作。

1. 确保在Android清单文件（AndroidManifest.xml）中添加相关权限和组件声明，包括使用AlarmManager所需的权限和接收器声明。例如，在清单文件的标签内添加以下代码：

    ...
    
    ...

2. 创建一个接收器（AlarmReceiver.java）来处理AlarmManager触发的广播事件。例如，创建一个名为AlarmReceiver的类，继承自BroadcastReceiver，并实现onReceive方法，如下所示：

public class AlarmReceiver extends BroadcastReceiver {
    @Override
    public void onReceive(Context context, Intent intent) {
        // 在这里处理闹钟触发后的逻辑
    }
}

3. 在代码中使用AlarmManager来设置闹钟。例如，使用以下代码来设置一个定时触发的闹钟：

AlarmManager alarmManager = (AlarmManager) getSystemService(Context.ALARM_SERVICE);
Intent intent = new Intent(this, AlarmReceiver.class);
PendingIntent pendingIntent = PendingIntent.getBroadcast(this, 0, intent, 0);

long alarmTime = System.currentTimeMillis() + 5000; // 5秒后触发闹钟
alarmManager.set(AlarmManager.RTC_WAKEUP, alarmTime, pendingIntent);

4. 确保在你的应用程序的其他部分中引用了正确的清单文件。例如，在build.gradle文件中添加以下代码，以确保正确引用了清单文件：

android {
    ...
    sourceSets {
        main {
            manifest.srcFile 'src/main/AndroidManifest.xml'
        }
    }
    ...
}

通过按照以上步骤进行操作，你就可以解决AlarmManager无法正常工作的问题，并将清单部分加入到代码中。