在AWS Elastic Beanstalk上部署Node.js应用程序时，您可以使用.ebextensions目录中的配置文件来定义和配置Elastic Beanstalk环境的设置。您可以创建一个配置文件来确保在生产模式下不运行npm。

以下是一个示例的.ebextensions目录结构：

.ebextensions/
  |-- 01_npm.config
  |-- 02_deploy.config

在01_npm.config文件中，您可以使用command指令来运行自定义命令。您可以使用npm命令来检查当前环境是否为生产环境，并根据结果执行相应的操作。

commands:
  01_check_environment:
    command: "if [[ \"$NODE_ENV\" != \"production\" ]]; then echo \"Development environment. Skipping npm install.\"; exit 0; fi"

  02_npm_install:
    command: "npm install"

在上面的示例中，01_check_environment命令将检查环境变量NODE_ENV的值是否为production。如果是开发环境，它将打印一条消息并退出。如果是生产环境，它将继续执行下一个命令02_npm_install来运行npm install。

请注意，您可以根据自己的需求自定义命令和条件。这只是一个示例来解决在生产模式下不运行npm的问题。

另外，根据您的项目需求，您还可以在.ebextensions目录中的02_deploy.config文件中定义其他配置，例如设置环境变量、安装软件包等。