在AWS Elastic Beanstalk中，可以使用.ebextensions文件来自定义和配置应用程序环境。如果你的.ebextensions文件在创建环境时没有生效，可能是由于以下一些常见问题：

1. 文件位置：确保.ebextensions文件位于项目根目录下，并且文件夹名称为".ebextensions"。如果文件夹或文件名称不正确，Elastic Beanstalk将无法识别文件。

2. YAML格式：确保.ebextensions文件是有效的YAML格式。YAML格式对缩进非常敏感，因此在文件中的缩进必须正确。下面是一个示例的.ebextensions文件：

option_settings:
  aws:elasticbeanstalk:container:apache:
    DocumentRoot: "/var/www/html"

3. 错误的键或值：检查.ebextensions文件中的键和值是否正确。确保正确使用了各种配置选项和正确的语法。例如，如果你想修改Apache的DocumentRoot，你需要使用正确的键"aws:elasticbeanstalk:container:apache:DocumentRoot"和相应的值。

4. 错误的配置选项：确保你使用了正确的配置选项。每个应用程序环境的配置选项可能会有所不同。你可以在官方文档中查找特定于你的应用程序环境的配置选项。

5. 部署策略：在某些情况下，更改.ebextensions文件可能需要重新部署应用程序环境才能生效。你可以尝试重新部署环境来查看更改是否生效。

如果你遇到问题，可以查看环境日志以获取更多信息。你可以在AWS控制台的"Elastic Beanstalk"部分找到环境日志。

希望以上解决方法可以帮助你解决问题。