可以尝试以下方法解决此问题：

1. 检查文件夹和文件权限是否正确设置。确保文件夹和文件可以被PHP进程访问并写入。
2. 尝试使用file_get_contents获取文件内容，然后使用file_put_contents写入文件。这可以避免使用base64解码并直接将文件内容写入文件。
3. 使用try-catch块捕获任何可能出现的错误并进行适当的错误处理。
4. 增加一个超时时间来限制AJAX请求的执行时间，以避免长时间的挂起。

以下是一个示例代码：

try {
  $decoded = base64_decode($data);
  $result = file_put_contents('/path/to/file', $decoded);
  if ($result === false) {
    throw new Exception('Failed to write file.');
  }
} catch (Exception $e) {
  // Handle error...
}

$.ajax({
  url: '/path/to/handler.php',
  data: {
    data: encodedData
  },
  timeout: 5000, // 5 seconds timeout
  success: function(response) {
    // Handle success...
  },
  error: function(xhr, status, error) {
    // Handle error...
  }
});