在Ajax导航中出现重复的Javascript文件可能会导致功能失效或页面加载速度变慢。下面是一种解决方法，可以通过判断文件是否已加载来避免重复加载。

// 存储已加载的文件路径
var loadedFiles = [];

function loadScript(file) {
  // 检查文件是否已加载
  if (loadedFiles.includes(file)) {
    console.log(file + ' 已加载');
    return;
  }

  // 创建script元素
  var script = document.createElement('script');
  script.src = file;
  script.type = 'text/javascript';

  // 加载完成后添加到已加载文件列表
  script.onload = function() {
    loadedFiles.push(file);
    console.log(file + ' 加载完成');
  };

  // 添加到页面头部
  document.head.appendChild(script);
}

// 调用示例
loadScript('path/to/script.js');

上述代码中，我们创建了一个loadedFiles数组来存储已加载的文件路径。在loadScript函数中，首先检查文件是否已存在于数组中，如果存在则不加载，否则创建一个script元素，并设置其src属性为要加载的文件路径。在脚本加载完成后，将文件路径添加到loadedFiles数组中。

这样，每次加载脚本之前都会检查文件是否已加载，从而避免重复加载。